בנסיעות רבות של הרב לחוץ לארץ, היה נתקל באותה תופעה עגומה של יהודים המתבוללים ומתחתנים עם גויות ולהיפך. לא תמיד היה בידו להציל את אלו שכבר התבוללו, אך הוא עשה המון כדי להציל את מי שכמעט צללו לשאול התחתית הזו. אחד הסיפורים המרתקים, סיפר הרב בעצמו לאחר שובו מצרפת:

כשאחי נפצע רצתי מייד אל אחי מרדכי, והוא הלך לקרוא לאמא שלנו. בינתיים לקחו את נעים לבית-החולים והתברר שקליע חדר לרגלו במקום מסוכן והרופאים רצו לכרות לו את הרגל. הלכנו לחכם צדקה הזקן, והוא אמר לנו לא לחתוך את הרגל. אמא שלי עמדה על כך שלא יחתכו את הרגל שלו, וברוך השם הרגל של אחי חכם נעים ניצלה...

סיפור נפלא סיפר הרב, בשיעורו בהלכות שעטנז על אחת מנסיעותיו לרוסיה,

י נפצע בידו הימנית בעת שירותו הצבאי והיה אמור לעבור ניתוח קשה. פניתי לרב זצ"ל, והוא אמר נחרצות: תפילין של יד ימין פסולות!

כשהרב היה צריך לצטט פסוק בתוך דברי התורה שלו, הוא היה אומר רק חצי פסוק או שהיה משנה קצת..מי שלא הכיר את הרב היה חושב שהרב אינו יודע לצטט פסוק שלם, והיו אף כאלה שהיו מתקנים את הרב תוך כדי דברים

מייד פנתה הרבנית לבדוק מה רע יש במפה, והנה גילתה שחלק מעיטורי המפה הם צלבים...

אבדן קשה וטראגי - מרן הרב שם לב גם לאחת שאולי אף אחד לא ישים לב לנפגעת הגדולה מהמקרה - סיפור מצמרר שלא יותיר עין יבשה...

כאשר התמנה הרב לשמש כרב הראשי לישראל, הוא החליט שלא להסתפק ברבנות המקומית בארץ ישראל, אלא קיבל על עצמו לפעול בכל קהילות ישראל בעולם.

קמתי בבוקר עם זיכרון החלום והייתי מאוד מרוגש. הרגשתי שזהו ממש חלום אמת. ממשי ביותר. שלושה חודשים לפני הלידה המשוערת שלנו ילדה גיסתי בן וקראו לו "אליהו". הבנתי למה הרב לא רצה שנקרא לו אליהו...

משגמלה ההחלטה בלבו של חכם סלמאן לעלות לארץ ישראל, החל חכם כנוש מסכם את דבריו, "בא לפני רבנו יוסף חיים והרצה בפניו שאלתו – עם מי ילמד קבלה כשיגיע לארץ ישראל?

שעה קלה לאחר שהלכו הרופאים הגיע אלי הרב, מלווה ברב זעפרני. הרב היה לבוש בגלימתו ואמר לי: אני נוסע עכשיו לארצות-הברית לביקור קצר, אבל דע לך שכאשר אחזור אתה תהיה בריא לגמרי. חשבתי לעצמי שהרי הרופאים אמרו לי לפני כשעה משהו אחר, אבל בכל זאת עניתי "אמן". כאשר כבוד הרב חזר מארצות-הברית, מי שהביא אותו לבית-הכנסת הייתי אני בעצמי, תודה לאל, בריא ושלם!

כאשר גבר העוני בירושלים, היו צריכים ממש מסירות נפש כדי לשלוח ילדים ללמוד תורה, כי הורים רבים נאלצו להשתמש בילדיהם לעזרה בפרנסה.

כשהיה הרב ילד קטן והפרנסה עוד היתה מצויה, היו הילדים מקבלים בכל שבוע חצי גרוש מהאמא, בתור דמי כיס, כדי שיהיו שמחים ויקנו לעצמם מיני מתיקה.

באחד משיעורי הרב פונה אליו אחד המשתתפים: כבוד הרב אומר דברים שאין בהם טעם, כי מה לפירורים של חמץ ולספרים? אין אלו אלא דברי חסידות בעלמא ותו לא, וכי מי אוכל פירור שנמצא בספר?!

לאחר שבוע וחצי אשתי פנתה לבדיקות. "אין שום התפתחות", הרופא דבק בגרסתו לנוכח מראה האולטרסאונד, "כל יום שהעובר עדיין ברחמך עושה רק נזק, אין עוד מה לעשות". החלטנו להתקשר לאחר הפרופסורים שהרב נתן לנו את מספר הטלפון שלו. סיפרנו לו על המקרה שלנו, ולאחר שהוא שמע שהרב אליהו הוא שהפנה אותנו אליו אמר: " פגישה ראשונה אצלי עולה 7,000 שקלים, אבל אם הרב אליהו אמר לכם שהוא רואה עובר שמתפתח – אין טעם שתבואו אלי, חבל על הכסף שלכם!". רצינו להיות בטוחים בדבריו, אך הוא חתם את הנושא: "אם הרב אליהו ראה – זה האולטרסאונד הכי טוב!".

זה היה פלא ממש, כי כעבור שעתיים הבחורה התעוררה וחזרה לחיים. השמועה על השמן הפלאי של הרב זצ"ל עשתה לה כנפיים, והגיעו אלי מקרים נוספים של אנשים שהשתתקו. לא לכולם זה הועיל, והאמת היא שאינני יודעת למי זה הועיל ולמי לא. בכל מקרה, שלושה מהאנשים סיפרו לי שזה הועיל להם.

שמתי לב כל השיחה, שהרב מדבר אתו אבל לא מברך אותו, וזה היה לי קשה מאוד. הייתי בסערת נפש גדולה, והרבנית שתחיה הרגישה מה שעובר עלי. היא ניגשה אל הרב ואמרה לו: לא בירכת אותו. הרב ענה לה: "זה בסדר, הוא יעבור את הניתוח". שוב הרב לא בירך...

אותה שבת קרעו את הרקיע תפילותיהם של כלל ישראל מכל הזרמים ומכל העדות, כשכולם זועקים "א-ל נא רפא נא לה", "אַל נא יהי עולם בלי ירח". את התוצאות ראינו מייד בצאת השבת.

שמתי את הרכב במוסך ובאתי לספר לרב מרדכי אליהו מה שקרה לנו. הוא אמר לי: "השטן מתנכל לך. בכל פעם שתיסע לדבר של קדושה – יהיו לך תקלות. אם תוותר על המשימה הקדושה – הרכב ייסע ללא בעיות".

אמרתי לו לכתוב את השאלות שלו על דף, לבוא לשיעור ולראות האם אחרי השיעור יישארו לו שאלות או רק תשובות. חברי עשה כך, ובאמת אחרי השיעור הוא הוציא את דף השאלות וראה שעל כל שאלותיו היו לו תשובות. זה היה מפליא.