פעם אחת הזדעזעתי כששמעתי את הרב אומר: אתה חושב שכל הכבוד הזה הוא בגללי? לא ולא. זה בגלל התורה שאני אומר להם. תראה איזה כבוד יש לתורה!

מספר הגאון רבי משה צדקה שליט"א מזכרונות אותם הימים:

פעם אחת הורה לי הרב לבדוק את התפילין. הבאתי אליו את הפרשיות, הוא הסתכל ואמר לי מייד שהסופר שכתב אותן היה חכם רפאל, בנו של חכם אפרים הכהן. הוא היה סופר ותיק שלא כותב הרבה. אבל בזכות סבי הרב גורג'י הוא כתב לי תפילין.

בוקר אחד התקשר אלי הבעל וסיפר לי שהוא חלם בלילה את הרב מרדכי אליהו זצ"ל בא אליו בחלום ואומר לו: תקפיד על תפילת ערבית ובעזרת ה' יהיו לכם ילדים משלכם!

לרב זצ"ל הייתה חשובה מאוד מצוות יישוב הארץ. כשהיו פונים אל הרב לגבי קניית מגרש לבנות עליו בית, היה הרב אומר: "זו מצוות יישוב ארץ ישראל – על כן יש לקנות את הכי גדול"...

בשקט היה הרב אומר לנו שזוהי "נדבת שבת". איך אתה יכול לתת צדקה בשבת? הרי אין לך אפשרות לתת כסף לעני. הכבוד שאנחנו נותנים להם – זוהי נדבת השבת שלכם...

סיפר הרב, שפעם הוא נסע להשתתף בכנס חשוב בחוץ לארץ שישבו בו שועי עולם, רבנים ונגידים, מנהיגי קהילות ובעלי השפעה.

סיפור נפלא סיפר הרב, בשיעורו בהלכות שעטנז על אחת מנסיעותיו לרוסיה,

עברו כמה ימים, הטלפון מצלצל בביתנו, ומעבר לקו: "מדבר מרדכי אליהו". מובן מאליו שלא העליתי על דעתי שמדובר בכבוד הרב. מאחר שציפיתי לשמוע מה בפיו של הדובר, הבין הרב שאינני קולטת שהוא זה המדבר אלי, ושוב אמר: "מרדכי אליהו מדבר". המתנתי שוב לבאות, ואז ציין רבנו: "הרב מנחם בורשטיין נמצא לידי". רק אז הבנתי שהרב אליהו הוא הדובר אלי ושאלתי אם אני מדברת עם כבוד הרב בכבודו ובעצמו...

גם כדי להשכין שלום בין איש לרעהו, או כדי להניח דעתו של מר נפש שנפגע מזולתו, היה מוכן הרב להקריב את כולו ומאודו. מדהימה ומרגשת היא העובדה הבאה, אותה סיפר הרב בעצמו:

זה היה פלא ממש, כי כעבור שעתיים הבחורה התעוררה וחזרה לחיים. השמועה על השמן הפלאי של הרב זצ"ל עשתה לה כנפיים, והגיעו אלי מקרים נוספים של אנשים שהשתתקו. לא לכולם זה הועיל, והאמת היא שאינני יודעת למי זה הועיל ולמי לא. בכל מקרה, שלושה מהאנשים סיפרו לי שזה הועיל להם.

ביום המיועד הגעתי לבית-החולים, הלבישו אותי בבגדים מיוחדים והתכוונו להוציא לי את הגידול באמצעות צנתור. ברגע שהרופא התכוון לשים עלי את המכשיר הוא החליט לצלם שוב כדי לראות איפה בדיוק הגידול נמצא. הרופא צילם ועמד כמאובן, בלי לדעת מה לעשות. הוא חזר על הפעולה שוב ושוב, ולבסוף אמר: אדוני, אין לך כלום, הכול בסדר גמור!

אבל הוא לא היה מוכן בשום פנים ואופן להוציא מפיו פסק הלכה שיוצא מתוך הנחה שהמשיח לא יבוא עד תשעה באב, והוא יהיה יום אבל. מי אמר לך שתשעה באב לא יהיה יום של שמחה? שאני אפסוק פסק הלכה שיוצא מתוך הנחה שגם השנה יהיה תשעה באב? לא מוכן!

כאשר גבר העוני בירושלים, היו צריכים ממש מסירות נפש כדי לשלוח ילדים ללמוד תורה, כי הורים רבים נאלצו להשתמש בילדיהם לעזרה בפרנסה.

בערב פסח אחד הרב קם באמצע הלילה ואמר לרבנית: יש חמץ בבית. הרבנית זינקה מהמיטה ואמרה: עבדתי כל כך קשה לפסח כדי שיהיה לנו חג כשר, אם יש חמץ אני לא נשארת בבית הזה לדקה אחת. נלך לילדים..

ביקשתי ברכה מהרב, והוא אמר לה לעשות כפרה עם כסף לפני הטיפול. היא עשתה כך, והתקשרה כבר למחרת כדי להודיע בתדהמה שהפעם עברה את הטיפול ללא תופעת לוואי בכלל. ברוך ה', עברו מאז כמה שנים, הרבה תפילות וברכות מהרב זצ"ל, והיא נרפאה!

באותה עת, קודם הנסיעה, החלטתי לפנות גם אל הרב מרדכי אליהו זצ"ל לבקש את ברכתו. "כי מלאכיו יצווה לך", הוא אמר. בדיוק את אותה ברכה שקיבלתי מהרבי!

עוד בהיותו כבן חמש עשרה שנים בלבד, היה הרב מקבץ נערים לבית הכנסת 'מוסאיוף' שבשכונת הבוכרים, כדי שלא יסתובבו בשעות הערב ברחובות בחוסר מעש.

לא תכננתי לנסוע לחו"ל. אבל פעם אחת, אשתי ואני היינו חייבים לנסוע. נולד לנו נכד בחו"ל, ולפני רכישת הכרטיס שאלתי את הרב האם אוכל לנסוע לברית המילה…תשובתו של הרב הייתה: אשתך תיסע, ואתה תישאר בארץ !

הרב הגיש משנה סדורה, דבר דבור על אופניו, בנושא ראש-חודש, תוך ציטוט מקורות רבים מן התורה, הנביאים והכתובים. החל מחז"ל, ראשונים אחרונים ואחרוני האחרונים, באגדה ובמחשבה, במפרשים ובהלכה. לא ניתן היה לשער כלל, שהרב לא ידע מראש מהו נושא השיחה