בגודל שקדנותו, היה הרב יושב לילות שלמים בהיכל הישיבה, גורס משנתו בעמקות ובחריפות, כשהוא גומא דפים וסוגיות, משננם ומאחסנם בזכרונו הבהיר. אך במקום גדולתו שם אתה מוצא ענוותנותו, שהיה מתאמץ להסתיר את היקף הישגיו.
משראה הרב את המוט הגבוה הוא אמר: "וְחַרְבּוֹ שְׁלוּפָה בְּיָדוֹ – נְטוּיָה עַל יְרוּשָׁלִָם". הזדעזעתי. הרב אליהו היה נזהר מאוד בלשונו, והפסוק הזה מדבר על המגיפה שהייתה בימי דוד המלך. תחילתו של אותו פסוק מספרת שדָוִד המלך נושא אֶת עֵינָיו ורואה אֶת מַלְאַךְ ה' עֹמֵד בֵּין הָאָרֶץ וּבֵין הַשָּׁמַיִם, ובעקבותיו דוד והזקנים נופלים ומכסים את עיניהם בשקים!
פעם אחת בא אהרון אבוחצירא, כאשר היה שר בממשלה, ורעיון היה בידו להעלות את קברו של האביר יעקב אבוחצירא זצ"ל ממצרים לארץ ישראל, ובא לבבא סאלי זצ"ל לשואלו על רעיונו - מה ענה לו הבבא סאלי זיע"א?
יהודי קשיש וירא שמיים גדול מתרעם על האנשים ששוכחים להזכיר בראש חודש "יעלה ויבוא" תמיהתו גדולה שבעתיים על כך שאותם יהודים גם אינם מרגישים הארה של ראש חודש... את התשובה לכך קיבל מהרב עוד באותו יום
באחד משיעורי הרב פונה אליו אחד המשתתפים: כבוד הרב אומר דברים שאין בהם טעם, כי מה לפירורים של חמץ ולספרים? אין אלו אלא דברי חסידות בעלמא ותו לא, וכי מי אוכל פירור שנמצא בספר?!
בצעירותו של הרב, לא מצא הדסים מהודרים כלבבו, ועמד ללכת לדוכן אחר לחפש שם, אמר לו בעל הדוכן: מה אתה מחפש כל כך הרבה? הרב אליהו בדק את כל ההדסים האלה ואמר שהם כשרים....
הרב הגיש משנה סדורה, דבר דבור על אופניו, בנושא ראש-חודש, תוך ציטוט מקורות רבים מן התורה, הנביאים והכתובים. החל מחז"ל, ראשונים אחרונים ואחרוני האחרונים, באגדה ובמחשבה, במפרשים ובהלכה. לא ניתן היה לשער כלל, שהרב לא ידע מראש מהו נושא השיחה
הרב פנה בשאלה למנהל שזה מכבר שאלו את השאלה: "נניח שטייס שרואה מסלול פנוי מבקש לנחות בו, אך המשקיף היושב במקום גבוה זה מורה לו לנחות במסלול אחר. האם יוכל הטייס לנחות בכל זאת במסלול שהוא רוצה?"
אמרתי לו לכתוב את השאלות שלו על דף, לבוא לשיעור ולראות האם אחרי השיעור יישארו לו שאלות או רק תשובות. חברי עשה כך, ובאמת אחרי השיעור הוא הוציא את דף השאלות וראה שעל כל שאלותיו היו לו תשובות. זה היה מפליא.
הרב שמע על הבעיה ואמר לי מייד את דעתו, שאסור להפריע לאנשי חברת החשמל לתקן. והוא גם כתב לי כך. בסוף מכתבו הוא ציין שאחרי התיקון, האוכל יהיה מותר לחולים בלבד. אבל הרב היה גם עניו גדול וגם מעשי מאוד.
רב ניגש מייד לצד המעשי של הערכה ואמר לו מה צריך לשפר בה. הוא שיפר, וכך יצאה הערכה אחר כך לשוק. מי שהכיר את הרב ידע כי המעשיות שלו בהלכה הייתה חשובה עד מאוד...
משגמלה ההחלטה בלבו של חכם סלמאן לעלות לארץ ישראל, החל חכם כנוש מסכם את דבריו, "בא לפני רבנו יוסף חיים והרצה בפניו שאלתו – עם מי ילמד קבלה כשיגיע לארץ ישראל?
שנתו של הרב נדדה באותה לילה - שאלה הרת גורל עמדה לפתחו - הרב לא הלך לישון כלל, הוא ישב לעיין בדבר לעומק. משהגיע לכלל הכרעה, נטל דף ועט וכתב תשובה שלמה נגד הפסק של חבריו להרכב...
המסר האדיר שקיבל המוכר קרח : מי שמכבד את אשתו – סופו להתעשר... הדברים הללו עשו רושם רב על מוכר הקרח, שראה את הכבוד שנוהג הרב באשתו למרות שהיה מדובר בפרוטות, והוא זכר אותם שנים רבות...
כשהגיעה השעה שש אמר לי הרב: "נמשיך ללמוד". הזכרתי לו שהרבנית שתחיה אמרה שבשש מגיעה משלחת אישים חשובה ורמת דרג.. "הם הגיעו?", שאל הרב, וענה תוך כדי דיבור: "הם עוד לא הגיעו, אז אנחנו ממשיכים ללמוד"...
מאותה שעה שהרב יצא מביתו בקריית-משה לבית הרב שרעבי במחנה-יהודה, לא ירדו גשמים כלל, עד לרגע שבו הרב אליהו נכנס לבית המדרש של הרב שרעבי. באותה שעה נפתחו ארובות השמים, והגשמים נמשכו עד לרגע שבו יצא הרב אליהו לביתו...
בחרנו להביא בפניכם דברים שנאמרו על-ידי המתפללים הקבועים בבית-הכנסת "היכל יעקב", בית-הכנסת של רבנו הרב מרדכי אליהו זצ"ל. אנשים שליוו את הרב עשרות שנים, אנשים שהכירו את הרב יותר מכולנו. שנה שלמה הם כמעט לא דיברו על הרב, וגם עתה לא היה קל להם לדבר. הסיפורים שלהם שזורים בין דפי ספר זה. הנה כמה מהם, כפי שנאמרו, במילותיהם הם
הרב שם לי כמה חפצים מול העיניים ולא זיהיתי אותם. עד היום אני זוכר את המבחן ראיה שהרב עשה לי. הרב אמר לי: אם כן, יש לי בשבילך עצה. תכין את השיעור בעל-פה ותלמד אותם בלי משקפיים.
איך מרן הרב הגיב לכך שהציעו לעשות ספר שלם רק מהשאלות שנשאל בדרכו לביתו? היחס המדהים של מרן הרב לילדים קטנים גם בשאלות שנראות כמגוחכות - היחס שהעניק מרן לאותם ילדים הותיר בליבם רושם לדורות
זוג צעיר יוצא מגוש קטיף על מנת לזכות שמרן הרב יקצוץ בשערות ילדם בן השלוש - "חלאקה". אך הזוג איחר בחצי שעה... לא רק שהזוג מתקבל אלא שמתברר להם שהילד שלהם יותר חשוב ממלך ספרד בכבודו ובעצמו...