כאשר היתה מתעוררת שאלה הלכתית בישיבה, היו הבחורים מבקשים לדעת מה הכריע חכם מרדכי בנידון. אמנם הכתובת הרשמית בישיבה לענייני הלכה היה הגאון רבי בן ציון אבא שאול זצוק"ל – שהיה מבוגר מן הרב בחמש שנים – אבל היו הבחורים נוהגים לשאול גם את הרב. מפעם לפעם היתה מחלוקת הלכתית ביניהם, אך זו כמובן לא הפריעה כלל לנועם קרבתם זה לזה. בן דודו של הרב, הגאון רבי דוד צדקה שליט"א, הרב הראשי לפרדס חנה, מספר: במשך הזמן החלו לכתוב ולהדפיס בחוברות את פסקי ההלכות, וכמובן היו מציינים את כל הדברים בהם נחלקו חכם בן ציון וחכם מרדכי.
כבר אז, היו משבחים מאד את הדרך בה הרב היה משיב ומורה הלכות. הגאון רבי יוסף עדס זצוק"ל, מראשי הישיבה, היה נהנה לראות איך הרב מאזין לשאלות הלכתיות ומשיב במהירות ובחדות. "הוא יודע לקרוא את המחשבות של בן שיחו", היה אומר רבי יוסף עדס, אך האמת שהרב היה מיוחד ביכולת ההקשבה שלו ולכן היה קולט את הספקות והקשיים שמציקים לשואל.