סיפר הרב, כי פעם הגיע תייר מחוץ לארץ בעשרת ימי תשובה ובהיותו בירושלים עיר הקודש רכש אתרוג בדמים מרובים. כמה תלמידי חכמים בדקו את האתרוג והיללוהו, ולמרות זאת המליץ לו מישהו שיגש לרבי יעקב מוצפי ויבקש את חוות דעתו. נכנס האיש אל רבי יעקב, בתוך האנשים הרבים שהיו מביאים לו לבדוק את לולביהם ואתרוגיהם, והושיט אף הוא האתרוג היקר. למראית עין היה האתרוג כליל היופי וההדר, אך רבי יעקב העיף בו מבט אחד וקרא בפסקנות: "זהו אתרוג מורכב ואין מה לעיין בו". ('אתרוג מורכב' הוא פרי שצמח באילן שבנוסף לשתיל האתרוג הרכיבו בו מין נוסף, לימון או תפוז. הסיבה שהיו מרכיבים באילנות האתרוג מין נוסף, היות ועץ האתרוג הוא עץ מאד עדין ונוטה להתייבש ולהינזק אם לא שומרים עליו בצורה מאד קפדנית).
נבהל התייר ורץ מיד אל המוכר, כשהוא מוחה נמרצות ובקול רם: "למה רימיתני?… מכרת לי אתרוג מורכב ודרשת ממני שאשלם בעדו מחיר מפולפל?!"…
הזעיק המוכר את הרבנים שהכשירו את האתרוג, והם אישרו ואמרו שאין להם ספק שהאתרוג מהודר ביותר. אך התייר לא נרגע ואמר: "אם רבי יעקב מוצפי אומר שזה אתרוג מורכב, אינני יכול לקבל דבריכם".
והם, שלא שמעו את שמו של רבי יעקב מוצפי ולא ידעו כמה מובהק הוא בהוראה, נקבצו יחדיו ועלו לבית הכנסת 'שמש צדקה' – שם היה יושב רבי יעקב – והתכוננו לגעור בו. אך דרכו רגליהם על מפתן בית הכנסת וראו את דמותו כמלאך ה' צבא-ות, נרתעו אחור ודיברו עמו בהכנעה גדולה. שמע רבי יעקב מוצפי את דבריהם ואמר: "אני לא יכול לבדוק ולהכשיר אתרוג מורכב. אם רוצים אתם רב שיבדוק את האתרוג, לכו לחכם מרדכי אליהו ובקשו ממנו שיבדוק".
סיפר הרב, כי באו אליו המוכר והקונה ביחד עם כמה מן הרבנים, ולא סיפרו לו שרבי יעקב מוצפי שלחום אליו, אלא הגישו לו את האתרוג וביקשו לשמוע את דעתו עליו. נטל הרב את האתרוג ופתח ואמר: "להגיד אם האתרוג מורכב או לא, אינני יודע ובנידון זה כדאי שתשאלו לדעתו של רבי יעקב מוצפי. כל שיכול אני להגיד הוא מה שרואות עיני, ולפי דעתי האתרוג…"
כמעט שלא הוציא הרב מפיו את המילה 'מהודר', ואל החדר נכנס אחד החכמים, מאנשי אמונו הקרובים של רבי יעקב מוצפי, ולחש על אזנו של הרב דבר סתר לאמור: "אם יבואו אליך, היזהר מחילול השם".
הבין הרב כי דברים בגו והחל להתעמק בבדיקת האתרוג ומצא בו נקב חסר ליד הפיטם. והעיד הרב ואמר, שכבר בדק באותו מקום מתחילה ולא ראה בו שום נקב, אך בו ברגע נראה במקום נקב של ממש.
ההלם היה מוחלט, כרעם ביום בהיר. כל הנוכחים נסערו והחלו מתדיינים כיצד נוצר הנקב ואם היה בשעה שכל הרבנים בדקו את האתרוג. אך ספק לא נותר וקביעה היתה נחרצת: האתרוג פסול.
כיון שראה הרב כמה נסערים האנשים ואיזו התקהלות יש סביב לאתרוג אחד, הטה אוזן לשיחתם והם סיפרו לו את קורותיהם בביתו של רבי יעקב מוצפי. נענה הרב ואמר למוכר: "דע, כי מאד יתכן שהנקב לא היה כלל בעת הבדיקה הראשונה והאתרוג היה נאה ומהודר. אך כיון שיצא מפיו של חכם רבי יעקב שהוא אינו כשר, התקיים באתרוג זה 'צדיק גוזר והקדוש ברוך הוא מקיים'".
לאחר שהלכו, יצא הרב מביתו והלך אל רבי יעקב מוצפי כדי לספר לו איך נגמרו הדברים. שמע רבי יעקב ואמר: "חששתי מחילול ה', שרב אחד אוסר ומשנהו מתיר, וביקשתי מרבונו של עולם שלא יצא חילול ה' ממה ששלחתי אותם אליך" .
