ידוע ומפורסם קשרו החם והעמוק של הרב אליהו עם מרן הרה"ק הבבא סאלי זיע"א וסביב קשר זה מסופרים סיפורי מופת רבים ונפלאים.
סיפר פעם אחיו של הרב אליהו כי כאשר הגיע הבבא סאלי לארץ הקודש ושבת בירושלים הלכו הוא ואחיו הרב נעים אליהו זצ"ל הגיעו לחזות בפני הצדיק ולפרוס בשלומו. כשהגיעו לפני הבבא סאלי בירך את שניהם ואז פנה אל הרב מרדכי אליהו הצעיר ואמר לו: "אתה שב עימי " !
ואז פנה לאח ואמר: ואתה תלך לשלום.
לאחר שנשארו הרב אליהו עם הבבא סאלי ביחידות, ישבו גדולי עולם אלו והמתיקו סוד. בבחינת סוד ה' ליריאיו.
כמו-כן לא פעם כשהגיעו לפתחו של הבבא סאלי שאלות בהלכה כבדות משקל ודורשות הכרעה היה שולח להתייעץ עם חכם מרדכי והיה אומר שככל היוצא מפיו יעשה.
עוד מפורסם כי כאשר דנו בכהונת הראשון לציון הזמין הבבא סאלי את הרב אליהו ואמר לו בפה מלא כי בשמים החליטו כי הוא יהיה הראשון לציון וציווה עליו להתמודד למשרה, ואכן התמנה אז מרן הרב אליהו לראשון לציון.
בוידאו שלפניכם מרן הראשון לציון הרב מרדכי אליהו זצוק"ל בדברי זיכרון על הצדיק המקובל הבבא סאלי זיע"א, הדברים נאמרו לכבוד כבוד יום ההילולא של סידנא בבא סאלי זכותו תגן עלינו אמן.
