אשתו של יהונתן פולארד ביקשה מהרב לפעול בשמים למען בעלה, שחייו היו בסכנה. הרב הסכים בלי לומר הרבה, וכעבור זמן הבינה המשפחה מה בדיוק לקח על עצמו. עד היום היא עולה לציונו.

את הרב הכירה רק מן הספרים ולא זכתה לפגוש אותו בחייו, ואחרי שנים ארוכות של המתנה לפרי בטן החלה לעלות להתפלל בציונו. בערב שבת אחד נגלה אליה חלום.

באחת הפעמים שנסע הרב לארצות הברית ביחד עם רבי אברהם שפירא, נערכה לכבודם קבלת פנים חגיגית.

עוד בהיותו כבן חמש עשרה שנים בלבד, היה הרב מקבץ נערים לבית הכנסת 'מוסאיוף' שבשכונת הבוכרים, כדי שלא יסתובבו בשעות הערב ברחובות בחוסר מעש.

משגמלה ההחלטה בלבו של חכם סלמאן לעלות לארץ ישראל, החל חכם כנוש מסכם את דבריו, "בא לפני רבנו יוסף חיים והרצה בפניו שאלתו – עם מי ילמד קבלה כשיגיע לארץ ישראל?

פעם אחת הזדעזעתי כששמעתי את הרב אומר: אתה חושב שכל הכבוד הזה הוא בגללי? לא ולא. זה בגלל התורה שאני אומר להם. תראה איזה כבוד יש לתורה!

אחד הרבנים שהרב הפקיד על תחום הכשרות היה הרה"ג רבי עמרם אדרעי שליט"א, והוא מספר סיפור מדהים:

בשקט היה הרב אומר לנו שזוהי "נדבת שבת". איך אתה יכול לתת צדקה בשבת? הרי אין לך אפשרות לתת כסף לעני. הכבוד שאנחנו נותנים להם – זוהי נדבת השבת שלכם...

כאשר היה הרב ילד רך בשנים, בגיל בו רגילים ילדים להשתובב ולשחק ברוב מרץ, הוא לא השתתף במשחקם ולא נענה לקריאתם להצטרף אליהם.

הסבא שלך עשה אתנו טובה גדולה. בתי כבר עברה את גיל שלושים ועדיין לא נישאה. היינו מודאגים. באתי אל הרב ושאלתי אותו מה לעשות. הרב שאל אותי האם עשינו לבתנו סעודת הודיה כשהיא נולדה, והשבתי שעשינו. הרב המשיך ושאל: האם הסעודה הייתה ממש על לחם, או רק עוגיות ושתייה? השבתי לו: הרב יודע, כמו שעושים לבת. קידוש.

לרב זצ"ל הייתה חשובה מאוד מצוות יישוב הארץ. כשהיו פונים אל הרב לגבי קניית מגרש לבנות עליו בית, היה הרב אומר: "זו מצוות יישוב ארץ ישראל – על כן יש לקנות את הכי גדול"...

נוצר ויכוח גדול, ובעקבות כך פנה אבי הבן אל הרב וסיפר לו את שאירע. הרב עצם את עיניו ושקע במחשבות, ופתאום קרא בקול: "שלא תעיז לקרא לו יוחאי"!

אחרי פטירת הרב חש ליאור שאין את מי לשאול בהלכה, עד ששנת צהריים אחת החזירה לו את ההזדמנות. הוא הפנה שאלה על תפיליו, וקיבל הוראה מפורשת שאותה מיהר לקיים בבוקר.

בערב שבת, זמן קצר לפני הכניסה, נפלה הפעוטה במדרגות ונפצעה במצח. ההורים נותרו עם פצע פתוח ועם ספק מייסר אם נהגו נכון, עד שלפנות בוקר הגיעה הוראה ברורה.

בשלב כלשהו התקשרו אנשיו של בנימין נתניהו אל סבא הרב, והוא אמר להם: "לערב ילין בכי, ולבוקר רינה". הייתי בטוח כי אם סבא אומר כך – כך יהיה. חזרתי לביתי בצפת רגוע ושליו...

מטפלת מנפאל שעובדת שנים בבית משפחה בעפולה כמעט אינה חולה, ולבני הבית התברר שהסיבה קשורה במה שראתה בנעוריה, ובחלום שחלמה שנים אחר כך על הרב.

לאחר זמן מה, התרחש נס גדול לבננו. הוא נפל לבריכה עם בגדיו, וחבר בכיתה א' משך אותו והעלהו מן המים. רק אז הבנתי את פשר מילות הברכה הקצרות והמדויקות, ברוח קודשו של מורנו ורבנו הרב זצ"ל.

שיהודי בא לבקש ברכה בעבור חבירו.. בהמשך מבקש אותו יהודי מהרב שלא יכעס על כך שחברו לא עשה מה שהרב אמר... השיב לו הרב: "מעולם לא כעסתי ולא הקפדתי. עדיין לא למדתי לכעוס".

את מסכת חייו של הצדיק המקובל הקדוש רבי מרדכי אליהו זכותו תגן עלינו אנו פותחים ביום הולדתו, כ"א באדר תרפ"ט,

כבר בהיותו ילד קטן, ראו אצל הרב את הנטייה לחנך ולהדריך אחרים. הוא דאג תמיד לילדים אחרים שלא למדו והיו עתידים לגדול בורים ועמי הארץ.