עוד בהיותו כבן חמש עשרה שנים בלבד, היה הרב מקבץ נערים לבית הכנסת 'מוסאיוף' שבשכונת הבוכרים, כדי שלא יסתובבו בשעות הערב ברחובות בחוסר מעש.

הלך האב והביא את בנו אל הרב. הסתכל הרב על הילד, נגע במקום הנפוח ואמר לו: אין לך כלום. אין לך שום דבר. לא צריך ניתוח. לך הביתה... חזרו האב ובנו לביתם, ובאמת לאחר יומיים הנפיחות עברה ולא נותר ממנה כלום. הכול עבר בלי שום ניתוח.

תקופת חתונתו של הרב, היתה תקופה קשה של מחסור במוצרי מזון וכולם היו חייבים להצטמצם מאד.

פעם הרב ביקש ממני לשיר את השיר "ידידי השכחת" כמו שהסבא שלי היה שר. היה שם פייטן ששמע אותי וצירף לשיר פתיחה ממנגינה ערבית. הרב מאוד לא אהב את זה, ואמר לי בלחש: "ולא קרב זה אל זה". למה הפייטנים לוקחים מנגינות של ערבים? שהם יחברו מנגינות. שיחברו שירה חדשה, שירה משלנו!

כעבור חודש הגעתי לבית-החולים ביום שנקבע לי, שם צילמו לי את העין בסי.טי. והנה אני רואה את המומחה מסתכל עלי בתדהמה ואומר: "אין צורך בניתוח, הקרע הולך ונסגר. אבל אני לא מבין משהו. זאת לא אותה העין שראיתי לפני חודש?!".

סיפור דומה סיפר יהודי ששימש כמשגיח בבית המלון 'קיסר' בירושלים:

זוג צעיר יוצא מגוש קטיף על מנת לזכות שמרן הרב יקצוץ בשערות ילדם בן השלוש - "חלאקה". אך הזוג איחר בחצי שעה... לא רק שהזוג מתקבל אלא שמתברר להם שהילד שלהם יותר חשוב ממלך ספרד בכבודו ובעצמו...

בבוקר יום שישי אחד באתי אליו כתמיד עם פתק לברכה. הרב קרא את הפתק, ולאחר מכן הרצינו פניו והוא קימטו בחוזקה ונטלו עמו. הדבר היה בעיני לפלא...

הרב שמע על הבעיה ואמר לי מייד את דעתו, שאסור להפריע לאנשי חברת החשמל לתקן. והוא גם כתב לי כך. בסוף מכתבו הוא ציין שאחרי התיקון, האוכל יהיה מותר לחולים בלבד. אבל הרב היה גם עניו גדול וגם מעשי מאוד.

כאשר עלה רבי סלימאן אליהו מבבל לירושלים, הקים את ביתו בירושלים עיר הקודש, עם מחברתו בקודש הרבנית הצדקנית מרת מזל ע"ה,

הבבא סאלי היה בדורנו, ודבר זה יכול לחייב כל אחד, ויבואו אליו בתביעה: מדוע לא היית כמו הבבא סאלי? ואם לא בדרגה שלו אז לפחות חמישים אחוז או עשרים אחוז כמוהו.

בערב יום כיפור לאחר פטירת הרב הלכתי לציון של הרב ואמרתי לו: כבודו אמר לי לקנות בית, אני מנסה שנתיים ולא מצליחה. אני מבקשת מהרב שיקיים את הבטחתו ואני אארגן קבוצה של בנות שתעשה משהו לעילוי נשמת הרב...

לא ידעתי איך להראות את פניי מרוב בושה. מצד אחד, לא רצינו לבייש את החתן שלנו ולא את ראש הישיבה שלו. אבל שהרב אליהו לא יערוך את החופה של הבת? הרי זה כל כך רצוי ומתבקש. ואיך אומר את זה לרב?

יהודי קשיש וירא שמיים גדול מתרעם על האנשים ששוכחים להזכיר בראש חודש "יעלה ויבוא" תמיהתו גדולה שבעתיים על כך שאותם יהודים גם אינם מרגישים הארה של ראש חודש... את התשובה לכך קיבל מהרב עוד באותו יום

כאשר פרצה מלחמת השחרור, בתחילת שנת תש"ח, היו יהודי ירושלים שרויים בסכנה ובחרדה.

בצעירותו של הרב, לא מצא הדסים מהודרים כלבבו, ועמד ללכת לדוכן אחר לחפש שם, אמר לו בעל הדוכן: מה אתה מחפש כל כך הרבה? הרב אליהו בדק את כל ההדסים האלה ואמר שהם כשרים....

מנהל קופת-החולים סידר לנו למחרת בבוקר בדיקת אולטרסאונד דחופה בבית-חולים "הדסה" הר-הצופים. בשעה 04:00 לפנות בוקר נסענו עם בתנו הראשונה, שהייתה בת שנה, לרב מרדכי אליהו זצ"ל. היה זה ערב ראש השנה, והעומס היה אדיר. היינו בספק רב אם נוכל בכלל להתקרב לרב.

ביקשתי ברכה מהרב, והוא אמר לה לעשות כפרה עם כסף לפני הטיפול. היא עשתה כך, והתקשרה כבר למחרת כדי להודיע בתדהמה שהפעם עברה את הטיפול ללא תופעת לוואי בכלל. ברוך ה', עברו מאז כמה שנים, הרבה תפילות וברכות מהרב זצ"ל, והיא נרפאה!

כאשר החלו עוסקים בהכנות לבחירת רבנים חדשים לכהונת הרב הראשי לישראל והראשון לציון, קיבל הרב פניות מרבנים רבים בארץ ובעולם, שלא יתנגד ויגיש מועמדות. גם צדיקי וגדולי הדור זי"ע, שלחו את שליחיהם או פנו בעצמם וקבעו שעליו להיות הרב הראשי לישראל.

כאשר גבר העוני בירושלים, היו צריכים ממש מסירות נפש כדי לשלוח ילדים ללמוד תורה, כי הורים רבים נאלצו להשתמש בילדיהם לעזרה בפרנסה.