זה אחד הסיפורים הכי מוזרים שמתפללים חדי עין ראו, והרב זצ"ל הסתיר את הדבר עד יום פטירתו. הרב אליהו היה מניח בכל יום שני זוגות של תפילין ביחד, ואחר כך היה מכסה אותן כמנהג המקובלים.
סיפר משה רבי, כי הוא ראה שישנו סדר בהנחת התפילין של הרב. ביום שאחר כך הייתה ישועה גדולה – היה הרב מניח שני זוגות תפילין, רש"י ורבנו תם. ביום שאחר כך היה בו פיגוע או אסון – היה הרב מניח זוג אחד של תפילין, של ראש בלבד.
סיפר שלום קנוניאן, כי פעם אחת הוא שאל את הרב על העניין הזה של התפילין, והרב שתק ולא ענה לו על כך. "סוד ה' ליראיו ובריתו להודיעם".
