שמעה הרבנית תליט"א שמדברים ברב נכבדות ומפצירים בו שיתעטר בנזר הרבנות הראשית לישראל, ונבהלה. "הלא גם כך בקושי מתמודד הוא עם כל הצובאים על פתחו, והרי הרב אינו דוחה איש מן הפונים ומקדיש מזמנו לכל אחד. כיצד ימצא פנאי למשימות הרבות והכבדות שהראשון לציון נאלץ להתמודד עמן" – שאלה וביקשה מהרב שיביע התנגדות וידחה את כל המציעים. לאחר מחשבה נוספת, נרתעה הרבנית ואמרה: "לא אני שאתנגד ואמנע ממנו את השליחות". ועדיין היו ספקות ולבטים מתגוששים בלבה והיא לא ידעה כיצד להכריע.
הבחירות לרבנות הראשית נועדו להתקיים בראש חודש ניסן תשמ"ג, ורק שבועיים קודם לכן הגיש הרב את מועמדותו, לנוכח הוראתו המפורשת של מורו ורבו כ"ק מרן אדמו"ר רבי ישראל אביחצירא 'בבא סאלי' זי"ע, ששלח להגיד לו את המלים הבאות: "בשמים הוחלט שאתה הרב הראשי הבא; לך והגש מועמדות". באותו לילה, מוצאי שבת קודש היה, התקשרו שני שליחים לבית הרב, האחד מטעמו של האדמו"ר בעל ה'לב שמחה' מגור זצוק"ל והשני מטעמו של האדמו"ר מליובאוויטש זצוק"ל, ובפי שניהם אותה בקשה: "יתמודד הרב וראוי הוא להיבחר". לאחר יומיים, אמר המקובל רבי יצחק כדורי זצוק"ל לרבנית: "אם שלושה גדולי ישראל פנו ואמרו לרב שעליו להתמודד ולהיבחר, בוודאי שכן הוא הדבר". גם ראש ישיבת פוניבז', הגאון רבי אלעזר מנחם שך זצוק"ל, שלח להגיד לרב: "יגיש נא כבודו מועמדותו ואני אדאג שאנשים הסרים לדברי יצביעו בעדו".
חזקה על הרב פקודתו של 'בבא סאלי' והוא הגיש מועמדותו למשרה הרמה. מכאן ואילך, פעלו העסקנים לבחירתו ואילו הוא לא דיבר על כך עם איש. כל כך רחוק היה הרב מהעיסוק בהתמודדות זו, עד כדי שבנו הצעיר שלמד בישיבה לא ידע בכלל שאביו מועמד כמעט ודאי לכהונת הראשון לציון. רק יום לפני הבחירות, כאשר שב הבן הביתה מן הישיבה לחופשת 'בין הזמנים', נודע לו כי אביו אמור להיבחר למחרת היום לתפקיד החשוב.
לילה לפני הבחירות, קרא 'בבא סאלי' למשמשו רבי אליהו אלפסי זצ"ל ולמקורבו רבי יהודה מוצפי שליט"א (עוזרו ואיש אמונו של הרב) ואמר להם: "הביאו לי בבקשה את הספר 'כרם שלמה' שחיבר רבי סלימאן אליהו זי"ע. חפץ אני ללמוד בו ולעורר את זכות אבותיו של חכם מרדכי". ואף זאת ביקש: "הביאו מצלמה ותצלמו אותי לומד בספר הזה, ואת התמונה תשלחו לחכם מרדכי לאות חיבה". והיתה זו מן הפעמים הבודדות ש'בבא סאלי' ביקש להצטלם.
בערבו של יום, כאשר נבדקה הקלפי ונמנו הפתקים, נמצא שהרב קיבל 87 קולות מתוך 136 קולות בסך הכל. לצדו, נבחר הגאון רבי אברהם אלקנה כהנא-שפירא זצ"ל, ששימש כראש ישיבת 'מרכז הרב' ובמשך שנים רבות היה אב"ד ירושלים וחבר בית הדין הגדול. בעשר השנים הבאות, שניהם ישמשו יחדיו בהנהגת הרבנות הראשית לישראל ויפעלו גדולות ונצורות לחיזוק הדת.
