היה זה מעמד הכתרתו של הרב הראשי הספרדי ה-52 שהכתרתו התקיימה בהיכל בית הכנסת רבן יוחנן בן זכאי שבעיר העתיקה בירושלים. בית כנסת זה נוסד לפני יותר משש מאות שנה, על ידי יהודים מגולי ספרד, שבנו אותו על גבי חורבות שיוחסו על פי האגדה לישיבה גדולה שהנהיג רבן יוחנן בן זכאי.
ארבעים וארבע שנים קודם לכן, בחודש תמוז תרצ"ט, נערכה באותו מקום הכתרתו של הגאון רבי בן ציון חי עוזיאל זצוק"ל, שנבחר כראשון לציון במקום הגאון רבי יעקב מאיר זצוק"ל שהלך לעולמו. בין ההמונים שנאספו למעמד הגדול, היו שתי אחיות שהביאו עמן את ילדיהן הקטנים. היתה זו הרבנית הצדקנית מרת מזל ע"ה, אמו של הרב, ואחותה הרבנית מרת צלחה חנה סופר ע"ה (כלתו של הגאון רבי יעקב חיים סופר זצוק"ל, בעל 'כף החיים'). הרבנית מזל החזיקה בידה את בנה מרדכי, ואחותה החזיקה בידה את בנה יצחק שלום. פתחה מרת צלחה ואמרה: "הלוואי שיגדל בני ויהיה הרב הראשי לישראל". נענתה אחותה מרת מזל ואמרה: "לא בנך, כי אם בני. כך אומר לי לבי והלוואי שאזכה לראות בכך". לא זכתה אמו של הרב להגיע לאותו מעמד – אך הספיקה לראות שמכתירים אותו כדיין בגיל כה צעיר – אך אחותו הגדולה, מרת רחל בן חיים ע"ה היא זכרה זאת. ועוד זכרה, שלאחר פטירתה של מרת מזל ע"ה, אמר אחיה, ראש הישיבה הגאון רבי יהודה צדקה זצוק"ל בהספד: "את אמרת שבנך יהיה הרב הראשי לישראל, ואת תראי משמים שהוא עוד יגיע לשם"…
לאחר דברי פתיחה וברכה וקודם שעמד הרב לשאת מדברותיו, ניגשו אליו המקובל רבי יצחק כדורי זצוק"ל והגאון רבי מאיר יהודה גץ זצ"ל, רב הכותל והמקומות הקדושים, הלבישוהו את הגלימה וחבשו לראשו את מצנפת הראשון לציון.
המנהג עד אז היה, שהראשון לציון מקבל גלימה מועד העדה הספרדית. גם אצל הרב, פנו אל הרב וביקשו לסכם על זמן שיבוא חייט לביתו ויקח מידות לגלימה. בירר הרב, היכן תופרים את הגלימה עם הרקמה המיוחדת, והשיבו לו שבדרך כלל מייצרים אותה בטורקיה. סירב הרב ואמר: "חפץ מסמל את הרבנות בארץ ישראל ייעשה בארץ העמים?!". נרתמו אנשי ביתו של הרב ובתוך כמה ימים נאספו כמה מנשות ירושלים שהיו מצוינות במלאכת הרקמה, ואותן נשים צדקניות זכו לתפור את גלימת הראשון לציון עבור הרב.
לאחר שלבש את הגלימה, עלה הרב אל הדוכן ונשא דרשה ארוכה, שבה דיבר על חשיבות התפקיד ועל האתגרים הגדולים שהוא נוטל על עצמו, בחיזוק הדת וגדרי הצניעות והכשרות, בליכוד השורות ואחדות בין כל שבטי ישראל. כן דיבר על האחריות של לומדי התורה, להביא את התורה לכל בתי ישראל ובאמצעותה לאחד את כל העם. הוא התייחס למעמדם של בתי הדין ולצורך לחזק את מערכות הכשרות ויתר הנושאים שהרבנות הראשית עוסקת בהם, ויחד עם זה שיבח את כל העוסקים במלאכה והעלה על נס את פועלם הגדול של קודמיו בתפקיד החשוב.
למחרת, החל פרק חדש בחייו של הרב. פרק האחריות הכוללת לכל עם ישראל. בתור רב ראשי לישראל לא הסתפק הרב בתחומי אחריותו בגבולות המדינה, אלא הרחיב את השפעתו והקרין על מאות קהילות בחוץ לארץ.
