ביום בו נבחר הרב למשרת הרב הראשי לישראל, הוא אסף לביתו כמה תלמידים ומקורבים ואמר להם: "צריכים לבצע מהפכה באגף הכשרות, להפוך אותה מ'בדיעבד' ל'לכתחילה'". במשפט זה, תמצת הרב את השקפת עולמו בכל הקשור לפסיקת הלכה. גם כשצריכים להקל, לא עושים זאת בקלות אלא בכובד ראש. כאשר אפשר, אסור להקל. כשנאלצים להקל, מתקבלת ההחלטה תוך נסיון להחמיר ככל האפשר.
לא לחינם העמיד הרב את נושא הכשרות בראש מעייניו, אלא הוא ראה בכך תיקון חשוב לכלל ישראל. וכך אמר: "אסור להקל בכשרות המאכלים וחייבים להוסיף חומרות ופיקוח, כדי שכל יהודי ויהודי האוכל מזון בכשרות הרבנות הראשית לישראל לא יכשל במאכלות אסורות. מי שחושב שאכילת מזון שאינו כשר זו עבירה שאפשר לחזור עליה בתשובה, טועה מאד. ולא זו בלבד, אלא שאכילת מאכלות אסורות מקשה מאד על החוטא לשוב בתשובה ולהתקרב לבורא עולם. הרי חז"ל אמרו, שמאכלות אסורות מטמטמים את הלב ואוטמים אותו שדברי תורה וקדושה לא יכנסו לתוכו. כאשר יבואו יהודים לשוב בתשובה ולבם אטום ומטומטם ממאכלות אסורים – הוסיף הרב בהטעמה – כמה קשה יהיה להם להתקרב לבורא עולם ולהכניס ללבם דברי תורה. אנו מוכרחים לדאוג להם ולחשוב על היום בו יחפצו להתקרב ולהצטרף ללגיונו של מלך מלכי המלכים".
המשימה לא היתה קלה. ההתנגדויות היו רבות ואיתנות. היה ברור שהכשרות של הרבנות הראשית לישראל לא באה לבוא במקום מערכות הכשרות המהודרות, אלא היא תמשיך לשרת את כלל ישראל, מיליוני תושבי ארץ ישראל ורבים-רבים בחוץ לארץ. לפיכך, גם את התמיכה למהפכה לא היו צריכים לגייס בציבור אוכלי ה'כשר למהדרין'. מנגד, בעלי המפעלים והיבואנים (אלו המביאים מוצרים מחוץ לארץ, מכונים 'יבואנים'), ועמם עסקנים ופעילים שלא משתייכים לציבור יראי שמים, נרתמו כדי למנוע מהרבנים הראשיים את ביצוע השינוי הגדול.
אבל הרב, שידע כי על כתפיו רובצת האחריות לכשרות המזון של רוב העם היהודי, לא נרתע מכל הקשיים. הוא והרב שפירא התמסרו לנושא הכשרות בצורה שלא תיאמן, והשקיעו בה מאמצים אדירים באופן אישי. הם לא הסתפקו בכך שרבנים ומשגיחים יפקחו על הכשרות, אלא ביקשו להיות מעורבים בכל פרט. ואכן, בשנים ההן, תחת עיניהם הפקוחות של שני הרבנים הראשיים, נעשו כל המאמצים שהכשרות של הרבנות הראשית לישראל תהיה מהודרת ככל הניתן.
סיפר הרה"ג רבי בניהו דיין שליט"א, מתלמידי ומקורבי הרב, שפעם שהה בחדר סמוך ללשכתו של הרב וראה שנכנסו ללשכה שני אנשים. לפתע, נשמע קולו של הרב שגער בהם וצעק עליהם בקול רם. היו אלו צעקות שמעולם לא נשמעו במחיצתו של הרב, ומוכרחת היתה להיות סיבה מאד משמעותית שתגרום לרב להרים את קולו בצורה שכזו. לאחר שיצאו שני האנשים, נכנס רבי בניהו דיין לחדר ושמע מפי הרב: "באו שני אנשים אלה כדי לכפות עלי את דעתם, שבתור רב ראשי לישראל אתן הסכמתי לכמה הקלות בנושא כשרות. ניסיתי לדחות אותם, אך הם התחילו לאיים עלי ורמזו שיש בדיהם כוח והם יכולים להזיק לי. אזי, נאזרתי תקיפות וגבורה וצעקתי עליהם עד שנכלמו וברחו מכאן".
