הרב, שכבר בילדותו זכה להתקרב אל גדולי רבני ישיבת 'פורת יוסף' וחכמיה, התאמץ שבעתיים והחליט להקדיש את כל כולו לתורה ולקדושה. באותן שנים, כידוע, היו פיתויים רבים שקרצו ברחובה של עיר לבני נוער, בפרט למוכשרים ולבעלי כושר המנהיגות. בחורי ישיבה שכבר החלו להתעלות בלימוד, נשבו בקסם המלים הגבוהות שהשמיעו פעילים שקראו להצטרף לכל מיני תנועות וארגונים. העוני והדלות, יחד עם מאורעות הדמים שפרצו מעת לעת והכניסו פחד בלבבות, כל אלו הקשו על ההתמדה בלימוד התורה. אין ספק, הנסיונות היו קשים, אבל גם האור שבקע בהיכל התורה היה גדול מתמיד. הנותרים בהיכלי התורה שהמשיכו להיות קשורים ודבוקים במשנתם ובגרסתם, היו המובחרים והמעולים שבבני התורה והם מסרו נפשם לתורה וקידשו שם שמים.
מצוינת לשם ולתהילה היא ישיבת 'פורת יוסף', שבאותן שנים נמנו בה עשרות בחורים ונערים, שהתרחקו מכל פיתויי הרחוב והקדישו עצמם ללימוד התורה, כמו כבלו עצמם בשלשלאות לספסלי בית המדרש ולא הסכימו לשמוע משום דבר שאינו קדוש. היה זה מבחן קשה, והישיבות הקדושות עמדו בו בגאון ובהצלחה, כאשר שימשו מצודה רוחנית מפני כל אותן סערות שהיצר הרע ניסה להחדיר פנימה.
אלו שזכו באותן שנים להיות תלמידים בישיבת 'פורת יוסף', חסו בצלם של ענקי רוח, גאונים וקדושים, אנשי תורה מובהקים וצדיקים בכל מעשיהם. בראשם עמד ראש הישיבה הגאון הצדיק רבי עזרא עטייה זצוק"ל, שהרב הכתירו בתואר 'רב רבנן', שכן היה מורה דרכם של כל הרבנים והחכמים שקמו בציבור הספרדי במשך עשרות שנים. זכה הרב להיות תלמידו החביב של רבי עזרא עטייה, שלא הסתיר את חיבתו ורבים השבחים שנשמעו מפיו על הרב. פעם אמר רבי עזרא עטייה: "בישיבה שלי, יש כמה תלמידי חכמים היודעים את כל התורה כולה. אבל מישהו שיודע לעיין היטב בהלכה כמו הדרך שלי בלימוד, יש לי אחד – חכם מרדכי אליהו".
פעם הגיע הגאון רבי יהודה צדקה זצוק"ל – דודו של הרב – לבקר אצל רבי עזרא עטייה. בדיוק, כשנכנס רבי יהודה צדקה, יצא הרב מביתו של ראש הישיבה. פנה רבי עזרא ואמר לרבי יהודה צדקה: ""בן אחותך מעיין חשוב ביותר. אינני חושב שיש לי בישיבה מישהו כמותו"
