הראשון-לציון, הרב יצחק נסים ע"ה, חיבב מאוד את הרב אליהו זצ"ל, אך עם זאת היה נוהג בו בדרך של "תוכחת מגולה ואהבה מסותרת".
בעת בה סיים הרב את לימודי הדיינות, הגיע להיבחן קודם שיקבל את הסמיכה. את הנבחנים חילקו לשתי קבוצות, את המצטיינים העלו לעליית הגג, שאלו כמה שאלות, נתנו להם את כתב הסמיכה וקבעו להם את בתי-הדין בהם נבחרו לדון. אך את הפחות מצטיינים הושיבו וערכו להם מבחן בכתב שכלל עשרות שאלות מקיפות בדיני ממונות, דיני אישות ושאר עניינים שהדיין חייב להיות בקיא בהם.
הרב נסים הורה להכניס את הרב אליהו לקבוצה השנייה, על אף שעל-פי נתוניו היה אמור לשבת בקבוצת המצטיינים. משעלתה השאלה איפה יהיה מקומו כדיין, פסק הרב נסים: באר-שבע.
אבל לפני שנשלח הרב לבאר-שבע, שלחו אותו לשמש תקופה קצרה בבית-הדין בתל-אביב, לצד שני דיינים ותיקים. באחד הימים הראשונים בבית-הדין בתל-אביב, פגש הרב את אחד מרבותיו שהיה לו כרב-חבר, ששימש אף הוא כדיין במקום. מששמע אותו רב כי תלמידו-חברו התמנה לשמש בבית-דין זה, לצד שני דיינים חריפים ומבריקים שהכיר משכבר הימים, פנה אל הרב הצעיר ואמר: "עצה טובה לי אליך. על כל מה שיגידו לך חבריך להרכב לחתום, כך עשה ובזה תמצא חן ושכל טוב".
הרב לא היה מחויב מעולם לשום דבר מלבד לדבר ה'. כפי שכבר סופר, עם פטירתו של הרב נמצאה בארנקו תפילה, אותה היה נוהג לומר כל בוקר בעת היותו דיין. כל בוקר הוא היה מבקש מבורא עולם שלא ייכשל בהוראותיו בבואו לפסוק את הדין, שיכוון לאמיתותה של תורת אמת, שלא תצא תקלה תחת ידו, שאין הוא סומך על כוח שכלו כי אם על העזר שייתן לו ה'. וכך, כל בוקר, היו מתבוננים בו שני חבריו להרכב, והיו תמהים בקול מה עניינה של תפילה חרישית זו. הרב לא נענה להם.
ביום מן הימים, לאחר שסיים הרב את תפילתו והתיישב לדון לצד חבריו הדיינים, התעורר דיון בעניין כלשהו, וחבריו החלו לדון ביניהם ביידיש, זה טוען כך וחברו טוען אחרת לעומתו, ולא ראו לנכון לשתף את הרב בדיונם. ברגע שבו הגיעו לדעה אחידה, כתבו את פסק-הדין והגישו אותו לפני הרב כדי שיחתום.
הרב עיין בכתוב במסמך שהוגש לפניו והשיב להם: "עלי להתיישב בדעתי ולעיין עוד בדבר". שני חברי ההרכב האחרים לא היו נראים מרוצים. "הזמן קצר והמלאכה מרובה", טענו מנגד. אך הרב בשלו, "עד מחר", אמר להם, "אתן לכם את תשובתי ונימוקיה".
באותו לילה לא הלך הרב לישון כלל, הוא ישב לעיין בדבר לעומק. משהגיע לכלל הכרעה, נטל דף ועט וכתב תשובה שלמה נגד הפסק של חבריו להרכב.
למחרת, כשקיבלו הדיינים את פסק-דינו של הרב, עיינו בו ולאחר מכן כתבו לו את תשובתם. אך הרב לא שב בו מטענותיו והשיב להם שוב בכתב, והנה משעיינו בדבר ראה אחד מהם לשוב בו בדעתו וחזר להורות כמו הרב. אחר כך גם חזר בו גם הדיין השלישי. הכול תועד בכתב.
אחד הדיינים שם לב פתאום שעל השולחן נערמו הדפים הרבים שתיעדו את ההתכתבות בינם לבין הרב. "אפשר לעשות מהדפים הללו חוברת בנושא עליו אנו דנים ולהפיץ אותה", הפטיר אותו דיין לעבר הרב, בעוד השני הנהן כמסכים. "אין זה מכבודכם שנפרסם דברים אלו", השיב הרב להפתעתם של שני הדיינים שלא הבינו את פשר דבריו, שכן חזרו להורות כמותו. "כל מה שכתבתי הוא פשט של רש"י", סיים הרב את דבריו בענווה, והדיינים נשתתקו.
בבית-הדין בבאר-שבע שימש כדיין במשך שנים רבות, בהן לא פסק להתייגע בתורה. שני לילות בשבוע היה ישן בעיר הדרומית, אותם אף ידע לנצל לטובת לימוד עם הבבא סאלי. בשאר הימים היה מטריח עצמו וחוזר הביתה במונית "יעל דרומה" בציר באר-שבע – ירושלים.
בבוקר יום שישי אחד, בהיותו בירושלים, נקרא הרב לביתו של הרב נסים. "תמה תקופת הדיינות בבאר-שבע בעבורך", שימח אותו הרב נסים בדבריו, "מיום ראשון הקרוב תשמש כדיין בירושלים", שימח אותו שוב ואף יותר. "האם אוכל להודיע מייד לרבנית?" שאל הרב. לאחר שקיבל את אישורו של הרב נסים, נשמע במהרה קולו השמח מהדהד בחדר "הרבנית, בטלי נא את כרטיסי המינוי ב'יעל דרומה', בעזרת ה' מיום ראשון הבא עלינו לטובה אתחיל לשרת בקודש בבית-הדין בירושלים", וטרם ניתק את השיחה הוסיף ובירך בשם ומלכות את ברכת "הטוב והמטיב".
"אמן", ענה הרב נסים, כשהוא מעט מחויך. "כמדומני שלא בירכת ברכה זו אלא כדי שלא אוכל לחזור בי מהבשורה בה בישרתי אותך", אמר כמסביר את החיוך שנסוך על פניו.
לימים, ברגע של גילוי לב, אמר הרב נסים לרב: "דע לך, שכל אשר הלאיתי אותך, לטובתך כיוונתי. אף שמן הדין היה מגיע לך מלכתחילה לשרת כדיין בירושלים ואף כדיין בבית-הדין הגדול, שער בנפשך מה היו אומרים הבריות: אין זה אלא יציר טיפוחיו של הרב נסים, ואולם על-פי כישוריו לא מגיע לו. עתה, משעמלת ונתייגעת בתורה ובהלכות דיינות, יודעים הכול שחוכמתך ומעמדך בנית בעמלך, ולא נזקקת לעזרה משום אדם".
(עו"ד איתן מלמד, ממתפללי בית-הכנסת "היכל יעקב")
