במשך כמה חודשים אירעו מאורעות דמים, בהם התנפלויות של פורעים ערבים על אוטובוסים והריגת חלק מן הנוסעים, או היתקלויות בין יהודים וערבים שהסתיימו בשפיכות דמים. העיר העתיקה הושמה במצור, הדרך לירושלים נחסמה ונפרצה לסירוגין, שיירות מזון ניסו לפרוץ את המצור וחלקן הותקפו ונמנו בהן הרוגים ופצועים רבים. בחודשים שבט ואדר א' תש"ח התפוצצו שלוש מכוניות תופת במרכז ירושלים, וגם בפיגועים אלו היו עשרות הרוגים. תחת רושם האירועים הקשים הללו, החלו קרבות בין לוחמי 'ההגנה' (אז עדיין לא היה צבא מסודר, שכן המדינה עדיין לא הוקמה) לחיילי הלגיון הירדני. בתוך עשרה שבועות, השתלטו הירדנים על הרובע היהודי והידקו את המצור עליו. משאזלה התחמושת ברובע היהודי ורבים ממגיניו נפלו חלל, נכנע הרובע ויושביו הובלו בשבי. הפסקת האש נכנסה לתוקפה רק לאחר קרוב לחצי שנה, וירושלים בותרה בין שתי המדינות.
במשך חודשים ישבו יהודי ירושלים במקלטים, בפחד ובחרדה עצומה מפני הבאות. רוב השיחות במקלטים היו מפחידות. אנשים עסקו בלהפחיד איש את זולתו. העלו זכרונות ממאורעות תרפ"ט ותרצ"ו, הפליגו בתיאור רשעתם ואכזריותם של בני ישמעאל, שחייתיות טבועה בדמם ואין להעלות על הדעת את שהם מסוגלים לעולל. גם השתקנים, כמובן שלא היו מסוגלים לעסוק בתורה. גם אותם בני תורה ובחורי ישיבה שהיו במקלט וניסו ללמוד, התקשו להתרכז וכל אוושה קלה הסיחה את דעתם. הצפיפות הגדולה במקלטים נתנה אף היא את אותותיה, ועל כל דבר היו אנשים מתקוטטים וחיש מהר היו מתלקחות מריבות. פרטיות והתבודדות, היו מושגים שבכלל לא ניתן לדמיין בישיבה במקלט.
היחיד שישב בפינתו ולא הרים ראשו מן הגמרא – היה הרב. מאומה מן המהומה לא נגע אליו, כמו לא שמע ואפילו לא זכר היכן הוא שרוי. חבוק ודבוק היה בתורה הקדושה, כמו אין בעולם אלא היא והוא, אורייתא וישראל וקודשא בריך הוא. בן דודו של הרב, הגאון רבי משה צדקה שליט"א, ראש ישיבת פורת יוסף, היה נער צעיר באותם ימים והוא מוסיף: פעם ראה אותי הרב, שאני עומד בצד ומביט בו, כנראה מתוך קנאה על שהוא מסוגל לכך. פנה ואמר לי: "בוא ונלמד יחד". ואז זכיתי ללמוד עמו בחברותא, ועד היום אני זוכר היטב את הלכות ברכות שלמדנו בעיון גדול באותם ימים נוראים
