פעם הגיע הרב להתפלל בליל שבת בבית כנסת גדול באחת הקהילות בחוץ לארץ. בשעת התפילה הבחין הרב, שאין ילדים בין המתפללים.

אני ואחי הרב מרדכי היינו ישנים בבית. מקלטים כמעט ולא היו. היינו חולקים מיטה אחת כי לא היה יותר. ישנים "ראש ורגל"..קמתי בכבדות לתפילת ותיקין, ורק אחרי התפילה הבנתי את ההתעקשות שלו להעיר אותי מוקדם. המיטה שישנו בה הייתה נקובה מכדורי "דום דום". הלגיונרים הירדנים היו יורים פגזים וכדורים מנשק קל לתוך האוכלוסייה האזרחית, ובאותו בוקר ירו גם על הבית שלנו...

סיפור דומה סיפר יהודי ששימש כמשגיח בבית המלון 'קיסר' בירושלים:

הלך האב והביא את בנו אל הרב. הסתכל הרב על הילד, נגע במקום הנפוח ואמר לו: אין לך כלום. אין לך שום דבר. לא צריך ניתוח. לך הביתה... חזרו האב ובנו לביתם, ובאמת לאחר יומיים הנפיחות עברה ולא נותר ממנה כלום. הכול עבר בלי שום ניתוח.

שבוע לאחר מכן נפקדה אשתי וילדה בת. אחר כך היא נפקדה שנית וילדה תאומים, בן ובת, ומאז נולדה, ב"ה, בת נוספת.

ביום המיועד הגעתי לבית-החולים, הלבישו אותי בבגדים מיוחדים והתכוונו להוציא לי את הגידול באמצעות צנתור. ברגע שהרופא התכוון לשים עלי את המכשיר הוא החליט לצלם שוב כדי לראות איפה בדיוק הגידול נמצא. הרופא צילם ועמד כמאובן, בלי לדעת מה לעשות. הוא חזר על הפעולה שוב ושוב, ולבסוף אמר: אדוני, אין לך כלום, הכול בסדר גמור!

הבית שהקימו הרב והרבנית, בית צנוע, חסר אמצעים ומתקיים בקושי, אך בית מלא אורה ושמחה, בית שמעולם לא נשמעה בו תלונה ולא נאחזה בו אנחה.

בכל ליל-שבת אחרי ארוחת השבת היה בבית הרב שיעור בגמרא לבעלי-בתים, והייתה שם אווירה קסומה. הרוגע, הפשטות והשלווה של הרב, כבשו את לבנו. חשבתי: היכן יש עוד אדם כזה גדול שנגיש כל כך לציבור הרחב כמו הרב?!

בשלב כלשהו התקשרו אנשיו של בנימין נתניהו אל סבא הרב, והוא אמר להם: "לערב ילין בכי, ולבוקר רינה". הייתי בטוח כי אם סבא אומר כך – כך יהיה. חזרתי לביתי בצפת רגוע ושליו...

חתני התקשר אלי בבקשה שאשאל את הרב זצ"ל מה לעשות. תשובת הרב הייתה כי אין צורך בניתוח. הילד יצא מייד בריא מבית-החולים. ירדתי מהמשרד ותוך דקות הייתי בבית-החולים, שם אני רואה את הנכד רץ ומשחק במסדרון. כשראה אותי הנכד הוא אמר לי: שלחו אותנו הביתה.

אבל הוא לא היה מוכן בשום פנים ואופן להוציא מפיו פסק הלכה שיוצא מתוך הנחה שהמשיח לא יבוא עד תשעה באב, והוא יהיה יום אבל. מי אמר לך שתשעה באב לא יהיה יום של שמחה? שאני אפסוק פסק הלכה שיוצא מתוך הנחה שגם השנה יהיה תשעה באב? לא מוכן!

אמר לי אותו יהודי: אתן לך, בתנאי שתניח גם של רש"י וגם של רבנו תם ביחד. התפלאתי מדוע הוא עושה אתי את התנאי הזה, אבל הסכמתי. כך הנחתי בציריך בעל כורחי תפילין של רש"י ושל רבנו תם ביחד, בדיוק כמו שהציע לי הרב. וגם התיידדתי עם בעל שני זוגות התפילין הללו.

אחד הרבנים שהרב הפקיד על תחום הכשרות היה הרה"ג רבי עמרם אדרעי שליט"א, והוא מספר סיפור מדהים:

אחרי לילות ללא שינה ובכיות והתייעצויות רפואיות, נסענו לרב מרדכי אליהו זצ"ל ואמרתי לו בבכי מה שהרופאים אמרו לי. הרב הסתכל עלי במבט כל כך טוב ואמר לי: אל תדאגי! לידה קלה, ושיהיה במזל טוב!

הכבוד הזה שהרב נתן להחלטות שלי כראש ישיבה מעולם לא עזב אותי. למרות שהוא רב כל כך גדול, אחראי על כל כך הרבה אנשים ורבנים וישיבות, ואני רק על ישיבה אחת – הוא כיבד תמיד את החלטתי. ואת זה לעולם אי-אפשר לשכוח!

ביקש ממני אחד המתפללים לעלות לתורה. אמרתי לו שהיום זו ה"עלייה" של כבוד הרב. הוא הלך מייד לכבוד הרב וביקש ממנו שיוותר לו כדי שהוא יעלה. כמובן שכבוד הרב ויתר לו והוא עלה...

הרב ירד מביתו, ואף אחד לא חשב לומר לו להיכנס למכונית שלי. אבל הרב ניגש מייד למכוניתי, פתח את הדלת, נכנס והתיישב...בדרך חזרה לביתו של הרב הדבר חזר על עצמו. ירד שלג כבד, הכול היה מלא בוץ ומחליק, אבל אני נסעתי עם כבוד הרב כאילו מדובר ביום אביבי נעים....

אם הרב יכול לצחוק ולנשום בעוצמה כזאת שקרעה את המסכה מעל פניו, נראה כי התפילות כבר עשו את שלהן והרב אינו נצרך עוד לטיפולינו...

שוב הבנתי עד כמה הרב זהיר בענייני מאכלים, אבל גם לא פחות בעניינים של כבוד הבריות...

כאשר אשה נעזבת מבעלה בלי גט, אומללה היא מאד. כל עוד ולא קיבלה גט, היא 'אשת איש' ואינה יכולה להתחתן עם אדם אחר, ואשה זו נקראת בפי חכמים 'עגונה'.