אחד מתושבי העיר צפת סיפר לבנו של הרב, הגאון רבי שמואל אליהו שליט"א, רבה הראשי של צפת עיר הקודש סיפור מיוחד

בבוקר יום שישי אחד באתי אליו כתמיד עם פתק לברכה. הרב קרא את הפתק, ולאחר מכן הרצינו פניו והוא קימטו בחוזקה ונטלו עמו. הדבר היה בעיני לפלא...

הלך האב והביא את בנו אל הרב. הסתכל הרב על הילד, נגע במקום הנפוח ואמר לו: אין לך כלום. אין לך שום דבר. לא צריך ניתוח. לך הביתה... חזרו האב ובנו לביתם, ובאמת לאחר יומיים הנפיחות עברה ולא נותר ממנה כלום. הכול עבר בלי שום ניתוח.

כבר בתקופה ההיא, בעודו צעיר לימים ובשנותיו הראשונות בבי המדרש, עמדו גדולי החכמים על גדלותו והכניסוהו בחצר המלך הפנימית, באוצרות טמירים ונעלמים, ברזי חכמת הקבלה.

אותה שבת קרעו את הרקיע תפילותיהם של כלל ישראל מכל הזרמים ומכל העדות, כשכולם זועקים "א-ל נא רפא נא לה", "אַל נא יהי עולם בלי ירח". את התוצאות ראינו מייד בצאת השבת.

סיפור דומה סיפר יהודי ששימש כמשגיח בבית המלון 'קיסר' בירושלים:

למחרת בבוקר התעוררתי מההרדמה בעקבות הניתוח, והצוות הרפואי שבא לבדוק אותי לא האמין שאני מסוגל להזיז את הידיים ואת הרגליים.

אלו שהיו קרובים אל הרב, לאורך כל השנים שעסק ברבנות והיה משיב תשובות לשואלים, ראו בחוש, שהפסיקה של הרב אינה רק תוצאה של עיון עמוק ויכולת ניתוח של כל הפרטים והצדדים

כשהיה הרב באחת הקהילות הגדולות בארצות הברית, בא יהודי חשוב והזמין אותו להשתתף בברית מילה שהוא עורך לבנו, ואף כיבד את הרב שישמש סנדק וימולו את הרך הנולד על ברכיו.

אמר הבבא סאלי לרב: אם אתה לא אוכל, לפחות תשתה! ומזג לרב כוס ערק. הרב, שלא היה רגיל לשתות משקאות חריפים כלל, בירך ושתה והיה חריף לו מאוד. רצה להפיג את החריפות, הגישו לפניו פלפלין, בירך וטעם והייתה חריפותן קשה מהערק!

משראה הרב את המוט הגבוה הוא אמר: "וְחַרְבּוֹ שְׁלוּפָה בְּיָדוֹ – נְטוּיָה עַל יְרוּשָׁלִָם". הזדעזעתי. הרב אליהו היה נזהר מאוד בלשונו, והפסוק הזה מדבר על המגיפה שהייתה בימי דוד המלך. תחילתו של אותו פסוק מספרת שדָוִד המלך נושא אֶת עֵינָיו ורואה אֶת מַלְאַךְ ה' עֹמֵד בֵּין הָאָרֶץ וּבֵין הַשָּׁמַיִם, ובעקבותיו דוד והזקנים נופלים ומכסים את עיניהם בשקים!

נוצר ויכוח גדול, ובעקבות כך פנה אבי הבן אל הרב וסיפר לו את שאירע. הרב עצם את עיניו ושקע במחשבות, ופתאום קרא בקול: "שלא תעיז לקרא לו יוחאי"!

כאשר עוסקים בפרקי החינוך של הרב, כדאי לספר כיצד היה הרב בוחן תלמידים, בבואו לבקר בתלמודי תורה ובבתי ספר.

שעה קלה לאחר שהלכו הרופאים הגיע אלי הרב, מלווה ברב זעפרני. הרב היה לבוש בגלימתו ואמר לי: אני נוסע עכשיו לארצות-הברית לביקור קצר, אבל דע לך שכאשר אחזור אתה תהיה בריא לגמרי. חשבתי לעצמי שהרי הרופאים אמרו לי לפני כשעה משהו אחר, אבל בכל זאת עניתי "אמן". כאשר כבוד הרב חזר מארצות-הברית, מי שהביא אותו לבית-הכנסת הייתי אני בעצמי, תודה לאל, בריא ושלם!

באחד הימים, לפני שפתחו בדיון בבית הדין, שאל אחד הדיינים את הרב לפשרה של התפילה שהוא אומר מתוך הכתב בכל יום.

בנסיעות רבות של הרב לחוץ לארץ, היה נתקל באותה תופעה עגומה של יהודים המתבוללים ומתחתנים עם גויות ולהיפך. לא תמיד היה בידו להציל את אלו שכבר התבוללו, אך הוא עשה המון כדי להציל את מי שכמעט צללו לשאול התחתית הזו. אחד הסיפורים המרתקים, סיפר הרב בעצמו לאחר שובו מצרפת:

זוג צעיר יוצא מגוש קטיף על מנת לזכות שמרן הרב יקצוץ בשערות ילדם בן השלוש - "חלאקה". אך הזוג איחר בחצי שעה... לא רק שהזוג מתקבל אלא שמתברר להם שהילד שלהם יותר חשוב ממלך ספרד בכבודו ובעצמו...

אולם כמו שאמר לה הרב בחלום – כך היה. בבדיקות שנעשו לה גילו שלושה עוברים חיים ונושמים ברחמה. כצפוי, הרופאים אמרו שצריך לדלל כדי לשמור על העוברים. אבל היא נצמדה להבטחה של הרב בחלום וילדה את שלושתם ממש כמו שהרב אמר: לפני הזמן אבל בריאים ושלמים. הברית הייתה בזמנה...

כאשר גבר העוני בירושלים, היו צריכים ממש מסירות נפש כדי לשלוח ילדים ללמוד תורה, כי הורים רבים נאלצו להשתמש בילדיהם לעזרה בפרנסה.

כשנזכרתי בסיפור, בבית-החולים, פתחתי את הארנק, לקחתי את הכסף ורצתי לחנות הראשונה שראיתי. שאלתי את המוכרת אם יש להם קופת צדקה בחנות, ולמרבה הפלא היא הביאה לי קופת צדקה שעליה הייתה מודפסת הסכמתו של הרב מרדכי אליהו זצ"ל. שמתי את הצדקה בקופה, ולאחר שיצאתי מהחנות פתאום שמתי לב שהכאבים נעלמו!