למרות הוותק העצום, היה מרן הרב ניגש אל כס הדיין בחרדת קודש, שכן אלוקים ניצב בעדת א-ל ושכינה משתתפת בדיני תורה.
לאחר הסתלקות הרב לגנזי מרומים, כאשר חיפשו בניו של הרב את צוואתו, פתחו את ארנקו ומצאו דף ובו רשומה התפילה שחיבר הרב בעצמו בעד עצמו. את התפילה הזו היה הרב רגיל להגיד בכל יום ויום לפני תחילת הדיונים בבית הדין. התפילה היתה כתובה על גבי פתק שנמצא תמיד בכיסו, וזו לשונה:
"ריבונו של עולם, גלוי וידוע לפניך שלא על דעתי עמדתי לשרת עם קדושיך, לדון ולהורות. ידעתי מיעוט ערכי – מך שבערכין. לא ביקשתי נפלאות ממני, אך כך הורו לי רבותיי וכך גלגלת כל הגלגולים, וסיבבת כל הסיבות. הקימות מעפר דל ותעש לי שם, כשם הגדולים. גזרה חוכמתו, יתברך ויתעלה שמו, לשרת עם קודש, להורות ולדון, ועל הכל יתברך שמו ויתעלה.
"אך רעדה אחזתני, יראה ורעד יבוא בי, על הסכנה הנוראה העומדת עליי, ופי תהום הפעור לנגדי, וברעות נפשי לקטלא נפיק, כי בער אני ולא אדע, על כן זחלתי ואירא, אנא אפנה לעזרה ואנא אברח. אבל בטחתי ברוב חסדך, ומפיל תחינתי לפניך כי אתה שומע תפילה.
"אנא השם, אלוהי הרוחות, חוס ורחם על כל יושבי כיסאות למשפט, ובפרט עלי, אני עבדך בן אמתך, מרדכי בן מזל. רחם עליי ותן לי לב שומע ודעת להבין לשפוט את עמך. חוננו חוכמה בינה דעת והשכל. שלא נאמר על טהור טמא ועל טמא טהור, על מותר אסור ועל אסור מותר, על זכאי חייב ועל חייב זכאי. ותצילנו מכל שגיאות וטעויות, ויהא ליבי חזק, ואתן להוכיח כל עושי ועוול ולהציל עשוק מיד עושקו. ואל ישיאנו יצרנו להעלים עין, חס וחלילה. ותזכנו לגדור פרצות ולהתקין תקנות ולהרביץ תורה, שיהא שם שמיים מתקדש על ידינו. ותהא אימתנו מוטלת על הבריות ואהבתנו חקוקה בלבם, ונתרחק מן הגאווה והכעס והקפדנות. ותאזרנו חיל לסבול את עמך. גל עיניי והביטה נפלאות מתורתיך".
